Lý học đại khái phân thành hai phái.

Mô hình hai phái với mô hình ba phái

Ở Trung Quốc thời trung cổ, nhà tư tưởng tên Lục Cửu Uyên 陸九淵 bị phái Lý học chính thống liệt vào các nhà văn không chính thống không theo Nho giáo, nhưng vào thế kỷ 15 được triết gia đáng kính tên Vương Dương Minh bênh vực. Dương Minh phê bình phái chính thống, song ông không bác bỏ hoàn toàn học phái này.[8] Lúc còn sống, Dương Minh đã bị chỉ trích, và ngay sau khi qua đời, ông cùng Cửu Uyên bị xếp vào hạng nhà văn không chính thống. Bắt đầu từ lúc ấy, Lý học chia thành hai phái:[9] phái Trình Chu giữ cường thịnh trong suốt thời trung cổ và thời cận đại của Trình Di 程颐, Trình Hạo 程顥 và Chu Hy; và phái Tâm học đối lập, ít thịnh hơn của Lục Cửu Uyên và Vương Dương Minh.

Nhà tân Nho tên Mưu Tông Tam 牟宗三 chủ trương thêm ngành thứ ba vào hai phái đang có, là phái Hồ Lưu của Hồ Hoành 胡宏 (1106–1161) và Lưu Tông Chu 劉宗周 (1578–1645). Theo Tông Tam, phái này quan trọng ở phương diện cùng dòng dõi các người tiên phong của Lý học là Chu Đôn Di, Trương Tái 張載 và Trình Hạo. Bên cạnh đó, phái này cùng phái Tâm học mới chính là trường phái chính thống của Lý học chứ không phải là phái Trình Chu, trở về lời dạy dỗ của Khổng Tử, Mạnh Tử, Trung dung và bình luận của Kinh Dịch. Phái Trình Chu chỉ là nhánh thiểu số dựa trên quyển Đại học và nhấn mạnh sai nghiên cứu tri thức thay vì nghiên cứu thánh nhân.[10]

Phái Trình Chu

Chu Hy tin rằng đạo (道; dào) của trời (天; tiān) thể hiện trong lý (理; lǐ), nhưng bị trùm trong khí (氣; qì). Triết lý của ông dựa trên triết lý Phật giáo đương thời chia mọi vật thành lý và sự (事; shì). Theo Lý học, lý tự nó là thuần khiết và gần như hoàn hảo, nhưng vì có khí nên cảm xúc hèn kém và xung đột nảy sinh. Nhà Lý học theo Mạnh Tử cho rằng nhân chi sơ tính bản thiện, nhưng nhân tính phải có tập luyện thì mới được thuần khiết, bằng cách thanh lọc cái lý của mỗi người. Nhưng trái ngược với Phật tử và Đạo gia, nhà Lý học không tin là có thế giới bên ngoài cách biệt thế giới vật chất và họ nói chung bác bỏ cả đầu thai lẫn nhân quả.

Các nhà Lý học có ý tưởng khác nhau về phương pháp thanh lọc cái lý. Chu Hy thì tin vào cách vật (格物; géwù), nghĩa là truy cứu cái lý của sự vật, dựa trên ý tưởng là lý nằm trong trời đất.

Phái Tâm học

Vương Dương Minh, có lẽ là nhà Lý học có ảnh hưởng lớn thứ hai, đến kết luận khác: nếu lý vừa ở trong vạn vật vừa ở trong tâm khảm của mỗi người thì không có nơi tìm kiếm nào tốt bằng nội tâm. Phương pháp cầu lý ưa thích của ông tên là tĩnh tọa (靜坐; jìngzuò), rất giống phép tọa thiền của Thiền tông. Dương Minh đề xướng khái niệm tri thức bẩm sinh, là mỗi người ngay từ lúc chào đời đã biết phân biệt thiện ác; kiến thức này nhờ trực giác và không cần trí óc suy nghĩ lập luận. Sau này các ý tưởng cấp tiến của Dương Minh khuyến khích các nhà tư tưởng lỗi lạc của Nhật Bản như Motoori Norinaga, ông cho rằng nhờ các vị thần của Thần đạo mà chỉ người Nhật mới phân biệt được thiện ác bằng trực giác mà không cần phải suy nghĩ phức tạp. Phái Tâm học của Dương Minh ​​cũng một phần cung cấp cơ sở tư tưởng cho vài samurai hành động theo trực giác thay vì kinh sách và lập nền tảng tri thức cho các samurai cấp thấp ra tay một cách cực đoan trong các thập kỷ trước sự kiện Minh Trị Duy tân (1868), như lật đổ chính quyền Đức Xuyên (1600–1868).